W 1458 r. rada miejska Gorzowa (wówczas Landsberg an der Warthe) ufundowała za murami miasta na Przedmieściu Santockim cmentarz z kaplicą p.w. św. Wawrzyńca i Gertrudy. W tymże roku kaplicę poświęcił bp kamieński Henning lvcn (miasto należało wówczas do diecezji w Kamieniu Pomorskim). Świątynia położona w pobliżu obwarowań miejskich, często padała ofiarą pożarów podczas oblężeń miasta i za każdym razem była odbudowywana w nowych formach, przez co nie przetrwały w niej wyraźne cechy stylowe. Podczas Reformacji (prawdopodobnie około 1540 r.) została zajęta przez protestantów odłamu augsburskiego. Na przełomie XVII i XVIII w. w mieście i okolicy osiedliło się wielu protestantów odłamu reformowanego (m.in. emigranci z Francji), którzy zgłaszali pretensje do kaplicy, leżącej wówczas w ruinie. Z fundacji mieszczanina gorzowskiego, Adama Sorgenfreya, przy wydatnym wsparciu finansowym króla pruskiego Fryderyka I wybudowano w latach 1696-1703 na miejscu kaplicy kościół, który poświęcono 29 VI1703. Podczas poświęcenia protestanci augsburscy i reformowani zawarli ugodę w sprawie wspólnego użytkowania świątyni, którą odtąd nazywano Kościołem Zgody (Konkordienkirche). W latach 1794-1796 kaznodzieją kościoła był znany filozof, Fryderyk Daniel Ernest Schleiermacher (1768-1834), którego pomnik znajdował się w latach 1848-1945 r. na skwerze obok świątyni. W 1912 r. dobudowano wieżę, istniejącą do dziś. Po zdobyciu miasta przez wojska sowieckie w 1945 r. wnętrze kościoła zostało wypalone i zdewastowane, uległ wówczas zniszczeniu barokowo-klasycystyczny wystrój, charakterystyczny dla świątyń protestanckich Nowej Marchii i Pomorza Zachodniego.

29 VI 1945 przybył do Gorzowa pierwszy polski kapłan, o. Przemysław Knap, kapucyn z Prowincji Krakowskiej, który osiadł przy jedynym wówczas w mieście kościele katolickim p.w. św. Krzyża (inne kościoły do 1945 r. należały do protestantów). Zorganizował polskie życie religijne w mieście i okolicy, m.in. poświęcił w sąsiednich wioskach 16 zborów protestanckich, przeznaczając je dla kultu katolickiego. Kapucyni Prowincji Krakowskiej duszpasterzowali w parafii św. Krzyża do 1966 r., kiedy to zdecydowali się opuścić tę placówkę w ramach większej reorganizacji swej obecności na Ziemiach Odzyskanych. Prowincja Warszawska zgłosiła wówczas gotowość dalszego prowadzenia parafii, na pozostaniu kapucynów w mieście zależało, bowiem zarówno ówczesnemu prowincjałowi o. Piotrowi Gackiemu, delegatowi generalnemu o. Archaniołowi Brzezińskiemu jak i ordynariuszowi diecezji bpowi Wilhelmowi Plucie. Kongregacja Zakonów wyraziła zgodę na erekcję domu zakonnego 6 II 1967; w oparciu o tę zgodę prowincjał o. Piotr Gacki dokonał erekcji domu zakonnego 10 V 1967. Z pracy w parafii św. Krzyża kapucyni wycofali się ostatecznie w 1996 r., przekazując ją duchowieństwu diecezjalnemu.

Dawny Kościół Zgody został odbudowany w latach 1947-1948 i poświęcony 6 VI 1948 p.w. św. Stanisława Kostki, z przeznaczeniem na kościół szkolny. Zrazu miał osobnego rektora, ale od 1950 r. opiekę duszpasterską sprawowali w nim kapucyni z parafii św. Krzyża. W ramach regulowania stanu własności kościelnej na Ziemiach Odzyskanych w 1971 r., na mocy porozumienia pomiędzy bpem gorzowskim Wilhelmem Plutą, a prowincjałem o. Gabrielem Bartoszewskim, kościół został notarialnie zapisany jako własność Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów. Staraniem gwardianów, o. Bogusława Rosochackiego i o. Józefa Korzeniowskiego świątynię gruntownie przebudowano i powiększono w latach 1974-1978 według projektu Tadeusza Ignatowicza oraz Józefa i Jerzego Hermanowiczów. Zmodernizowany kościół poświęcił prowincjał, o. Pacyfik Dydycz, podczas Pasterki w 1978 r. Kościół nie jest konsekrowany.

Staraniem gwardianów o. Romana Kotowskiego i o. Apoloniusza Leśniewskiego w latach 1983-1988 zbudowano przy kościele klasztor (proj. Marek Kobus) – duży budynek na planie czworoboku z wewnętrznym wirydarzem, mieszczący także sale duszpasterskie.

Z chwilą opuszczenia przez kapucynów parafii św. Krzyża została erygowana przy kościele klasztornym parafia p.w. św. Antoniego z Padwy i Stanisława Kostki, dekretem bpa zielonogórsko-gorzowskiego Adama Dyczkowskiego z 24 VIII 1996.